بیشتر غار‌های طبیعی استان در منطقه خلخال قرار دارد و در اطراف کوه سبلان نیز غار‌های ساخته دست بشر دیده می‌شود.
غار یخگان خلخال، به وسعت ۱۱۰۰ متر در منتهی‌الیه جنوب‌شرقی شهرستان خلخال در دامنه غربی کوه «بوزخانا داغی» و در ۶۰ کیلومتری آبگرم گیوی واقع شده‌است. این غار در ارتفاع ۲۴۰۰ متر از سطح دریا قرار دارد. وجه تسمیه این غار به علت وجود خاصیت یخچالی در بخشی از غار می‌باشد. داخل این غار در زمان گرمای هوا یخ می‌بندد و برعکس زمانی که هوای بیرون از غار سرد می‌شود، یخ‌ها شروع به آب شدن می‌کنند.
از جمله غار‌های استان می‌توان به غار‌های کنزق، ورگه‌سران و ویند کلخوران در سرعین، بوینی یوغون در نیر، بنه‌لر، داش‌کَسَن و قره‌قیه در مشگین‌شهر، هواشناق در کوثر، هفت‌خانه (یدی دام)، ازنو، درو و کلور در خلخال اشاره کرد.
